6 июня 2001 года около 18 часов по местному времени (20:00 по Москве) в Скопье неизвестный террорист произвел два выстрела по окнам президентского кабинета, находящегося в здании парламента. В момент покушения Трайковский проводил встречу с лидером Социал-демократического союза Македонии Бранко Црвенковским. Никто из них не пострадал.

Находившийся в автомобиле Opel Corsa с софийскими регистрационными знаками террорист от здания парламента отправился к расположенной неподалеку судебной палате, по которой также открыл огонь, а затем скрылся. Позднее полиция обнаружила брошенную машину в столичном квартале "Автокоманда".

Македонские политические наблюдатели склонились к тому, что теракт в Скопье был спланирован и осуществлен албанскими боевиками, стремящимися еще более обострить ситуацию в республике. На это указывают и характер теракта, и время его совершения, совпавшее с началом межэтнических столкновений в македонском городе Битоль. Причиной последнего стало известие о гибели трех военнослужащих - местных уроженцев, попавших в ночь на 6 июня в засаду албанских террористов под Тетово.

Спустя несколько дней, 22 июня около 23:30 по московскому времени в столице Скопье несколько тысяч человек, собравшихся на митинг в центре города, взяли штурмом здание парламента республики. В это время в здании парламента был президент Македонии.

Борис Трайковский и еще несколько высших руководителей Македонии, проводившие в парламенте переговоры с македонскими и албанскими партиями, были эвакуированы из здания в неизвестном направлении.

Вечером 25 июня несколько автобусов с албанскими мятежниками покинули Арачиново и отбыли в неизвестном направлении в сопровождении представителей НАТО и ЕС.

Манифестанты считали, что Борис Трайковский допускал слишком значительное вмешательство в дела Македонии со стороны зарубежных государств и европейских организаций.

К демонстрантам присоединились несколько десятков солдат и полицейских, и стрельба была слышна "из трех разных направлений". О пострадавших ничего не сообщалось, кроме того, что были ранены несколько полицейских - некоторых из них избили манифестанты.

Тогда около здания парламента они уничтожили автомобиль президента Бориса Трайковского.